El 16 de agosto de 1863, un nuevo grupo bajo el liderazgo de Gregorio Luperón y Santiago Rodríguez hizo una audaz incursión en el cerro de Capotillo (Dajabón) e izaron el pabellón dominicano. Esta acción, conocida como el Grito de Capotillo, fue el comienzo de la guerra.
Una ciudad tras otra en el Cibao se unieron a la rebelión, y el 13 de septiembre, un ejército de 6,000 dominicanos se atrincheró en la Fortaleza San Luis, en Santiago. Los rebeldes establecieron un nuevo gobierno al día siguiente, con José Antonio ‘Pepillo’ Salcedo como presidente, e inmediatamente calificó a Santana, que ahora era líder de las fuerzas españolas, como traidor. Salcedo intentó pedir ayuda a los Estados Unidos, pero fue rechazada.
España tuvo un momento difícil luchando contra los rebeldes. En el transcurso de la guerra, perderían más de 33 millones de pesos y sufrirían más de 10,000 víctimas (en gran parte debido a la fiebre amarilla). Santana, quien había sido venerado como un excelente estratega militar, se vio incapaz de romper la resistencia dominicana. En marzo de 1864, desobedeció deliberadamente las órdenes de concentrar sus fuerzas en torno a Santo Domingo y fue reprendido y relevado de su cargo por el Gobernador General José de la Gándara quien mandó a Santana a Cuba para hacer frente a una corte marcial. Sin embargo, Santana murió repentinamente antes de que esto ocurriera.
De la Gándara trató de negociar un alto el fuego con los rebeldes. Él y Salcedo aceptaron discutir los términos de paz, pero en medio de las negociaciones, Salcedo fue derrocado y asesinado por un grupo de descontentos encabezado por Gaspar Polanco. La facción de Polanco estaba preocupada de que Salcedo tuviera la intención de retornar al ex presidente Buenaventura Báez, a quien los rebeldes odiaban tanto como odiaban a los españoles por sus acciones antes del golpe de Estado a Santana en julio de 1857. A pesar de que Báez se había opuesto inicialmente a la anexión española, una vez vivió en España con un subsidio del gobierno y tuvo el grado honorario de mariscal de campo en el ejército español. No fue sino hasta el final de la guerra que él volvió a la República Dominicana.
En España, la guerra estaba demostrando ser extremadamente impopular. En combinación con otras crisis políticas que estaban ocurriendo, que llevaron a la caída del primer ministro español, Leopoldo O’Donnell. El Ministro de Guerra de España ordenó el cese de las operaciones militares en la isla, mientras que el nuevo primer ministro Ramón María Narváez llevó el asunto ante las Cortes Generales.
El gobierno de Polanco fue de corta duración. Después de un nefasto ataque sobre la posición española en Montecristi y los esfuerzos para establecer un monopolio del tabaco en nombre de sus amigos, él mismo fue derrocado por Benigno Filomeno de Rojas y Gregorio Luperón, en enero de 1865. Dándole tregua a la lucha, la junta provisional organizó una nueva constitución, y cuando se aprobó, el general Pedro Antonio Pimentel se convirtió en el nuevo presidente el 25 de marzo 1865.
En el otro lado del Atlántico, las Cortes decidieron que no querían financiar una guerra por un territorio que en realidad no necesitaban, y el 3 de marzo de 1865, la reina Isabel II firmó la anulación de la anexión. El 15 de julio, las tropas españolas abandonaron la isla.
Secuelas[editar]
Aunque muchas ciudades dominicanas y la agricultura en todo el país fueron destruidas (a excepción del tabaco) durante la guerra, la Guerra de Restauración trajo un nuevo nivel de orgullo nacional a la República Dominicana. La victoria dominicana también le demostró a los cubanos y puertorriqueños que España podía ser derrotada. Por otro lado, en la política local, el liderazgo durante la guerra se concentró en las manos de pocos caudillos regionales, quienes podían ordenar la lealtad de las regiones. Este sistema de poder político se mantuvo hasta finales del siglo XX.
La política dominicana se mantuvo inestable durante los próximos años. Pimentel fue presidente durante sólo cinco meses antes de ser reemplazado por José María Cabral. Cabral, a su vez fue derrocado por Buenaventura Báez en diciembre de 1865, pero retomó la presidencia en mayo de 1866. Sus negociaciones con los Estados Unidos sobre la posible venta de la tierra alrededor de la Bahía de Samaná resultaron ser tan impopulares que Báez fue capaz de recuperar la presidencia una vez más en 1868.
En las relaciones dentro de la isla, la guerra marcó un nuevo nivel de cooperación entre Haití y la República Dominicana. Hasta entonces, Haití había considerado la isla de La Española como «indivisible» y había intentado, sin éxito, conquistar la mitad oriental varias veces en el pasado. La guerra obligó a Haití a darse cuenta de que este objetivo era esencialmente inalcanzable, y fue sustituido por años de disputas fronterizas entre los dos países.
El 16 de agosto se conmemora un día de fiesta nacional en la República Dominicana, así como el día que el presidente dominicano es juramentado en su cargo cada cuatro años.